Setelah Blessing Software mengumumkan karya pertama mereka, Eriri dan Utaha keluar dari circle untuk bergabung dengan creator populer, Akane Kosaka, untuk mengembangkan game besar bernama Fields Chronicle. Sementara itu, Tomoya dan Megumi bekerja sama dengan anggota baru mereka dan berbagai pihak lain untuk memproduksi game baru mereka. Setelah mengumumkan persaingan besar antara kedua kelompok itu, terjadi insiden besar yang mempengaruhi kelanjutan Fields Chronicle. Dan sebagai hasilnya, hal itu mempengaruhi kelanjutan hubungan antara Tomoya, Megumi, Eriri, dan Utaha. Keputusan seperti apa yang akan diambil Eriri dan Utaha? Akankah hubungan antara Tomoya dan Megumi berubah? Dan seperti apakan akhir dari game baru Blessing Software?

Gadis amnesia, kosong yang terbangung di samping dunia bertemu dengan Tokisaki Kurumi. Para gadis yang dikenal sebagai semi-spirit berkumpul untuk saling membunuh. Pertempuran mereka pun dimulai.

Cerita berlatar di benua Babel, di mana Menara Babel tampak lebih besar dari tujuh negara. Perkembangan ilmu alkimia membuat penggunanya dijadikan sebagai alat perang dan membawa umat manusia pada jurang kepunahan. Untuk mencegah hal itu, tujuh negara menyepakati perdamaian dengan melarang penggunaan alkimia. Ratusan tahun sejak itu, tahun Kontinental 911, bangsa Lustrice melanggar pakta dan mengumpulkan pasukan alkimia untuk menaklukkan benua.